El Gobierno Federal, a través del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología creó en 1991 el primer programa nacional para reconocer la calidad de los programas de posgrado. Actualmente, el Programa Nacional de Posgrado (PNPC) es el instrumento con el cual el CONACYT y la Secretaría de Educación Pública fomentan el mejoramiento de la calidad de los programas de posgrado, apoyando a los alumnos mediante becas de manutención, becas para estancias cortas en el extranjero así como apoyos a los profesores que participan en estos programas educativos.
En la actualidad la UABCS cuenta con cinco programas de posgrado incorporados al Programa Nacional de Posgrados de Calidad (PNPC), programa que les reconoce que cuentan con núcleos académicos básicos sólidos, altas tasas de graduación, infraestructura necesaria para la formación integral de los estudiantes y alta productividad científica o tecnológica, lo cual les permite lograr la pertinencia de su operación y óptimos resultados.
• Especialidad en Ciencias Sociales: Desarrollo Sustentable y Globalización • Maestría en Ciencias Sociales: Desarrollo Sustentable y Globalización • Doctorado en Ciencias Sociales: Desarrollo Sustentable y Globalización
• Maestría en Ciencias Marinas y Costeras • Doctorado en Ciencias Marinas y Costeras
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